ผลของอาหารดิบต่อจุลินทรีย์ในลำไส้ยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างกว้างขวาง อย่างไรก็ตาม

ผลของอาหารดิบต่อจุลินทรีย์ในลำไส้ยังไม่ได้รับการศึกษาอย่างกว้างขวาง อย่างไรก็ตาม งานวิจัยบางชิ้นชี้ให้เห็นว่าการบริโภคอาหารดิบเป็นส่วนใหญ่หรือทั้งหมดสามารถส่งผลดีต่อจุลินทรีย์ในลำไส้ได้ การศึกษาชิ้นหนึ่งพบว่าผู้เข้าร่วมที่บริโภคอาหารดิบเป็นเวลาเจ็ดวันแสดงให้เห็นว่าแบคทีเรียที่มีประโยชน์ เช่น ไบฟิโดแบคทีเรีย เพิ่มขึ้นอย่างมีนัยสำคัญ อาหารดิบ  เมื่อเปรียบเทียบกับระดับพื้นฐาน นอกจากนี้ ระดับของไบฟิโดแบคทีเรียยังคงสูงอยู่แม้ว่าผู้เข้าร่วมจะหยุดรับประทานอาหารดิบก็ตาม การศึกษาอื่นๆ ยังพบว่าการรับประทานอาหารดิบสามารถช่วยเพิ่มแบคทีเรียที่เป็นประโยชน์และลดแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคได้